Ахмет Байтұрсынұлы патша заманында да, кеңестік кезеңде де қуғын-сүргін көріп, бірнеше рет түрмеге жабылған. Оның адам еркіндігін шектейтін абақты атты тар құрсауда ұзақ мерзімде отырған кезеңі – 1909-1910 жылдардағы Семей және 1929 жылы қамалған Мәскеудегі Бутырка түрмесі. Семей түрмесінде ол 7 айдан астам уақыт жапа шексе, Алматы-Мәскеу түрмелерінде 20 ай қамақта отырды. Алаш ардақтысының жазықсыз жазаға тартылғанына күйініп, оны құтқару үшін билік орындарына арыз-шағым жазған кісілердің бірі – жұбайы Бадрисафа Мұхамедсалыққызы (Байтұрсынова).